La commission de contrôle des comptes est habituellement constituée de 3 membres pour les petites structures et de 5 membres pour les structures plus importantes.

Ses membres sont indépendants : ils sont choisis en dehors des instances dirigeantes du syndicat. Elle se réunie sans la présence du secrétaire général du syndicat.

Elle est convoquée par le trésorier au moins une fois par an et autant de fois que demandé par les adhérents (ou par les syndicats pour les autres structures). Les commissaires aux comptes doivent vérifier les factures des dépenses. Son rapport est présenté à la première instance suivante et lors de chaque congrès. Le trésorier adjoint peut être convoqué par le trésorier.